最早一次，是出现在“每月一件礼物胁迫事件”中，露马脚的是当小兰对柯南说：“这么快就找到了，不愧是新一啊”而柯南答应了。解决方法是，柯南请阿莅博士用变声器模拟新一的声音给小兰打电话，柯南同时在小兰家里，使小兰认为柯南与新一是两个人； 第二次，应该是“走头无路的名侦探，连续两大杀人事件”里，露马脚的原因是柯南睡觉时被小兰摘掉了眼睛，使小兰感到眼熟，同时小兰找到了10年前与新一和一位魔术师的合影，使小兰坚信柯南就是新一，变小的原因是吃了博士发明的怪药。当小兰把柯南领到新一家门口逼他招供时，新一的妈妈(有希子)出现了，有希子帮柯南撒了谎，使小兰信以为真了。
第三次应该就是“危命的复活”系列中，当柯南受伤做手术需要输血时恰赶上医院血库里柯南血型的血用光了，小兰耗不犹豫地为柯南献血，而小兰知道她自己与新一是一个血型，这使得柯南感觉到小兰已看透他的真实身份，觉得瞒不下去了，正当柯南在平次的建议下打算把真相告诉小兰时，灰原告诉柯南这样会带来杀机，让他继续隐瞒。解决方法是，柯南吃了灰原参考白干成分开发的ATPX解药的实验品，变回新一，出现在小兰表演节目的舞台上，而灰原伪装成柯南，使新一、柯南同时出现在小兰面前，解除了小兰的疑惑。但实验品毕竟是实验品，还没等新一向小兰表白，他又变回了柯南 最近一次，是“小兰的疑惑”中，发现新一的手机与柯南的手机一样，当小兰试图解开这个问题时，柯南用早已录好的新一声音的磁带给小兰打去电话，同时，柯南出现在小兰面前。
剧场版中，每一弹都有小兰把柯南看成新一的时候，尤其是第三弹(世纪末的魔术师)，小兰对柯南的推理、动作、语言产生了极大的怀疑，最后，小兰哭着对柯南说，“你就是新一吧”，柯南一筹莫展正要招供时，基德伪装成新一(基德与新一本身就很像，因此不用大伪装)出现在小兰家里。基德之所以这样做，是为了报答柯南救鸽子之恩。 总之，故事中时刻都存在小兰的疑惑，故事的趋势就是小兰一直坚信柯南就是新一，但她想让柯南亲口告诉她而没有直接对柯南说。柯南逃脱的把戏，也只不过是变声器、电话、白干、伪装而已。 不过，小兰要想彻底知道柯南就是新一，必须等到大结局才行。
组织发现了柯南和灰原的秘密 计谋杀了他们 在危急关头的时候 灰原找到了毒药的资料 创造出了解药 有两颗 柯南服了解药后 便会帅帅的学长 与平次一起英雄救美 啊不 是所有人 组织成员全部落网 最后 新一告诉了兰所有所有的事 “果然是这样呢……”毛利兰双眸中悄然滑过两道泪痕 . 又笑着对他说“你知不知道我一直在等你这句话！”兰扑进新一的怀抱锤着新一的胸口终于忍不住了 放声大哭 新一抱住小兰深情地说：“现在 一切都过去了，我爱你 再也不会骗你了 我们，结婚吧！”小兰一愣 嘴角泛起一抹微笑 缓缓又不引人注意的点了点头 . 《名侦探柯南》大结局（以上剧情纯属我自己歪歪的 对于我来说 我不希望任何人物掉队 死亡至于幕后黑手虽有证据说13大叔会让那个乌鸦谁的我忘了 背锅 但在结果未出来以前我不会造谣）谢谢阅读
最糟糕的是再也不相信他了，我觉得小兰会哭，然后说“所有人都知道柯南就是新一，只有我不知道，果然，在新一你心里我什么都不是是”然后新一会解释怕她担心才不告诉他的，小兰“所以，你是在嫌弃我吧，我什么都做不了，告诉我只会添麻烦吧！”“可是就算是这样我真的也想做点什么，每次遇到危险的时候我知道新一回来救我的，可是新一遇到麻烦了只想着怎么瞒过我，新一，你这个混蛋，我再也，再也不想见到你了…”然后小兰就开始跑，然后新一就追，然后然后会着急的拉着小兰说一些让人害羞的话～～～（最近总是被这种玛丽苏洗脑，不喜勿喷哦）
我觉得当小兰发现柯南是工藤新一的时候应该不会太吃惊，因为在名侦探柯南播放这么多年中，小兰一直都有怀疑过柯南跟工藤新一是不是也有一定的关系，而且在有些剧情场合里面，甚至还有柯南跟工藤新一小时候的照片一模一样的东西，是个傻子都能发现，所以当他发现柯南就是工藤新一的时候一定不会非常吃惊。
当小兰发现以后应该只会说一句，为什么柯南没有早早的告诉她让她知道。而是隐瞒她一切，除此之外，应该没有别的反应了吧，毕竟心心念的人终于出现在了自己的身边，有的应该就是爱了。
我觉得会紧紧的拥抱新一，并说：“新一，你这个笨蛋推理狂，你太坏了，你知道我没了你有多苦吗？”新一：“小兰……”小兰含着眼泪难受的表情望着新一说：“新一其实……我……喜欢……你很久了……”新一凝视着小兰说：“笨蛋，我从一开始4岁时就被你那时的笑容喜欢上了你，真是个小笨蛋”他们拥抱了很久，然后小兰好像很生气的样子说：“之前我们一起洗过早吧！你这个变态侦探”然后就被打了，不久，他们考上了大学后就结婚了（以上是我的猜想
）
我觉得会是先踢他一脚，再打他一巴掌，然后使劲的把他揍扁，做成一个肉球，然后呢再说你这个大坏蛋，如果，以后再这样的话，我就帮你拍摄像苍蝇。